জানা গেছে, ২০১২ সালের ১৩ ডিসেম্বর আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালে জামায়াতে ইসলামীর নায়েবে আমীর দেলাওয়ার হোসাইন সাঈদীর মামলা নিয়ে বিচারপতির সঙ্গে জনৈক বেলজিয়াম প্রবাসীর কথোপকথন-সংক্রান্ত স্কাইপ কেলেঙ্কারির ঘটনা আমার দেশে প্রকাশ করায় মাহমুদুর রহমানের বিরুদ্ধে ঢাকার মুখ্য মহানগর হাকিম আদালতে মামলা করা হয়। কথোপকথন প্রকাশের পর দেশে বিদেশে তোলপাড় সৃষ্টি হলে ট্রাইব্যুনালের বিচারপতি নিজামুল হক নাসিম পদত্যাগ করেন। একই বছর ১১ এপ্রিল দৈনিক আমার দেশ কার্যালয় থেকে তাকে তথ্যপ্রযুক্তি আইনে গ্রেফতার করা হয়। এ মামলায় গত ১৪ জানুয়ারি সাইবার ক্রাইম ট্রাইব্যুনালে বিচারক কেএম শাসমুল আলম জামিন নামঞ্জুরের আদেশ দেন। পরে হাইকোর্টে জামিন আবেদন করা হলে বিচারপতি এ কে এম আসাদুজ্জামানের নেতৃত্বে হাইকোর্ট বেঞ্চ তার জামিন মঞ্জুর করেন। সেই জামিন স্থগিত চেয়ে সরকার আবেদন করলে আপিল বিভাগের চেম্বার জজ আদালত বিষয়টি আপিল বিভাগে পাঠিয়ে দেন। এর ওপর শুনানি শেষে প্রধান বিচারপতির নেতৃত্বে পাঁচ সদস্যের আপিল বেঞ্চ তার জামিন বহাল রাখেন।
এ ছাড়া সারা দেশে মাহমুদুর রহমানের বিরুদ্ধে মোট ৭০টি মামলা করা হয়েছে। তবে এসব মামলায় এরই মধ্যে জামিন পেয়েছেন তিনি।